Основными климатообразующими факторами Гиндукуша и Каракорума следует считать горный рельеф и удаленность от океанов. Климатические различия здесь прослеживаются между определенными районами. В западной части осадков выпадает до 800 мм в год, в восточной — до 100 мм. Это объясняется тем, что западные склоны задерживают относительно влажный воздух, поступающий с Атлантического океана. Южные склоны Гиндукуша также получают больше осадков (до 1000 мм), чем северные. На южные склоны влагу приносит летний муссон. Различие в количестве осадков северных и южных склонов характерно и для Каракорума.
Такая особенность в распределении осадков оказывает влияние на положение снеговой границы. На южных склонах она находится на высоте 4700 м, на северных, более сухих — на высоте 5900 м.
В пределах системы Куньлуня-Алтынтага континентальность и сухость увеличивается в восточном направлении. В пределах Наньшаня эти признаки уменьшаются за счет влияния летних муссонов со стороны Тихого океана. Здесь уже ясно выражена высотная поясность: появляются лесной и альпийский пояса.
Тибетское нагорье — наиболее высокое и изолированное из всех рассмотренных нагорий. Орографические условия обусловливают резкую континентальность и сухость климата данной территории. Осадков здесь выпадает не более 250 мм. Преобладают высокогорные пустынные ландшафты. Зимой морозы достигают — 35° С, летом часты заморозки. Из-за отсутствия снежного покрова сохраняется вечная мерзлота.
Лишь с юго-восточной части в летнее время по речным долинам Тибета проникает влажный тропический воздух — муссон, количество осадков увеличивается до 1000 мм, повышается температура (средняя июля +17° С, января — около 0° С).